常见的建库困难样本包括：细胞游离DNA（cell free DNA，cfDNA）；肿瘤循环DNA（circulating tumor DNA，ctDNA）；石蜡包埋样本DNA（Formaldehyde and paraffin embedding DNA，FFPE DNA）；染色质免疫共沉淀DNA（Chromatin immunoprecipitation，ChIP DNA）；拭子样本DNA （swab DNA）；古生菌DNA等。这类样本因为DNA初始含量低或者降解严重，导致样本中可用于建库的完整双链DNA（dsDNA）分子数很少。因此在构建文库时需要增加PCR循环数，才能获得符合上机需求的文库产量。然而PCR循环数太高，会导致文库偏好性增加，有效数据量降低，不仅增加了测序成本，还会影响分析结果，甚至导致稀有基因型检测不到。

ABclonal针对建库困难样本，推出了基于单链DNA（ssDNA）的文库构建解决方案：Scale ssDNA-seq Lib Prep Kit for Illumina（RK20222），Scale ssDNA-seq能直接以片段化的单链DNA为起始模板构建文库，而不受样本中完整dsDNA含量的限制，极大的提高了困难样本的文库构建质量。

ABclonal Scale ssDNA-seq Lib Prep Kit for Illumina特点：

ABclonal Scale ssDNA-seq Lib Prep Kit for Illumina实验流程（约3 h）：

配套接头：

 

数据展示

1. Scale ssDNA-seq能兼容超低起始量DNA

 

2. Scale ssDNA-seq具有极高的建库效率

 

3. Scale ssDNA-seq可有效降低建库碱基偏好性

4. Scale ssDNA-seq在困难样本的捕获测序中具有优势

 

Scale ssDNA-seq应用扩展：

1. 实现对DNA/RNA的共建库

当前二代测序文库制备试剂盒分为DNA和RNA两类，不能同时进行DNA和RNA的共建库。因此，在实际案例中，如鼻拭子样品来源核酸，DNA部分采用传统的DNA建库试剂盒，RNA部分采用传统的mRNA建库试剂盒，而部分核酸（如单链ssDNA类病原微生物）有可能丢失。上述问题是困扰mNGS的一个难题。而基于单链建库技术的Scale ssDNA-seq有望实现对RNA和DNA的同时共建库实验，减少实验流程的同时，提升了mNGS的应用能力。

基于Scale ssDNA-seq技术的DNA / RNA共建库的技术流程大致如下：

 

2. DNA甲基化建库

DNA的甲基化是一种重要的表观调控方式，很多疾病和生命现象都伴随着基因组DNA甲基化状态的改变。全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing，WGBS）是研究DNA甲基化的常用方法，传统的WGBS测序流程一般是先构建文库，再用Bisulfite处理文库，然后再测序。然而Bisulfite处理会对双链DNA造成很大的破坏，使得构建好的文库大量降解，从而降低文库产量，增加文库偏好性。ABclonal推出了基于单链DNA建库技术的DNA甲基化研究方案：Scale Methyl-DNA Lib Prep Kit for Illumina（RK20220），能有效解决Bisulfite处理对双链DNA文库产生破坏的问题，即先用bisulfite处理双链DNA，再用ssDNA建库技术进行文库构建，该方法能极大的提高WGBS检测的灵敏度（低至1 ng DNA）和准确性。

Scale Methyl-DNA Lib Prep Kit for Illumina工作流程：